Сыктывкарская детская поликлиника № 3 имеет следующую структуру:
1. Администрация поликлиники, в том числе
- административно-хозяйственная часть
2. Информационно-аналитическое отделение
- регистратура
- оргметодкабинет (кабинет статистики)
3. Лечебно-профилактическое отделение (педиатрическое)
- кабинеты участковых педиатров
- кабинет здорового ребенка
- прививочный кабинет
- процедурный кабинет
4. Межмуниципальный диагностический центр
- кабинеты узких специалистов
- кабинеты функциональной диагностики
- кабинеты лучевой диагностики
5. Клинико-диагностическая лаборатория
6. Отделение восстановительного лечения
7. Отделение медико-социальной помощи
8. Отделение организации медицинской помощи детям в образовательных учреждениях
10. Аллерго-пульмонологическая служба
13. Отделение выездной патронажной паллиативной медицинской помощи детям